การป้องกันไวรัสตับอักเสบ บี ในทารกด้วยวัคซีนในปัจจุบันมีประสิทธิภาพสูง จากการศึกษาที่ผ่านมาในอดีต พบว่า การให้วัคซีนป้องกันไวรัสตับอักเสบ บี เพียงอย่างเดียวในทารกที่คลอดจากมารดาเป็นพาหะ ที่ตรวจพบ HBeAg ได้ผลในการป้องกันทารกร้อยละ 94 การให้วัคซีนร่วมกับ HBIg จะได้ผลในการป้องกันมากกว่าร้อยละ 97 แต่การให้วัคซีนจะต้องให้ภายใน 12 ชั่วโมง กระทรวงสาธารณสุขได้ให้วัคซีนป้องกันไวรัสตับอักเสบ บี กับทารกแรกเกิดทุกคนโดยให้ 3 ครั้ง เมื่อแรกเกิด, 2 เดือนและ 6 เดือน จากการศึกษาในโครงการนำร่องในช่วงปี พ.ศ. 2531 – 2535 ที่จังหวัดชลบุรีและเชียงใหม่ พบว่ามีประสิทธิภาพในการป้องกันร้อยละ 81.6 จากการศึกษาในผลกระทบในการให้วัคซีนไวรัสตับอักเสบ บี ใน EPI มากกว่า 10 ปีในการศึกษา 5 จังหวัด ได้แก่ลำปาง, ลพบุรี, ชลบุรี, อุดรธานี และนครศรีธรรมราช พบว่า อุบัติการณ์ของการตรวจพบ HBsAg หรือเป็นพาหะในเด็กเพียงร้อยละ 0.7 ลดลงกว่าก่อนการให้วัคซีนเป็นอย่างมาก (ร้อยละ 5 – 6 ) แสดงถึงประสิทธิภาพการให้วัคซีนเพียงอย่างเดียวในประชากรหมู่มากอย่างไรก็ตามการตรวจกรองสตรีตั้งครรภ์โดยตรวจ HBsAg หรือ HBeAg เพื่อหากลุ่มเสี่ยงสูงและป้องกันโดยการให้วัคซีน และเซรุ่มพร้อมกันจะเพิ่มประสิทธิภาพในการป้องกันเพิ่มขึ้น จากการศึกษาทางเศรษฐศาสตร์สาธารณสุขโดยการคำนวณต้นทุนและอัตราการป้องกันพบว่า ถ้าให้วัคซีนเพียงอย่างเดียวสามารถป้องกันได้ 41,840 คน การตรวจกรองก่อนแล้วการให้วัคซีนร่วมกับเซรุ่ม HBIg จะป้องกันเพิ่มขึ้นอีก 4,224 คน จากอัตราการเกิดของทารก 800,000 คนต่อปี แต่จะต้องใช้เงินเพิ่มจาก 151 ล้านบาท เป็น 265 ล้านบาท ต่อปีไม่นับรวมค่าบุคลากรและค่าใช้จ่ายอื่น ๆ เมื่อพิจารณาโดยรวมแล้ว อัตราการป้องกันในการตรวจกรอง HBsAg และ HBeAg จะต้องใช้จ่ายเพิ่มขึ้นอีกเป็นจำนวน 26,041 บาท ต่อการป้องกันเพิ่มขึ้น 1 คน ดังนั้นการพิจารณาการตรวจกรองในประชากรและระดับประเทศจะต้องขึ้นอยู่กับนโยบายและงบประมาณที่ใช้ต่อปี สำหรับการดูแลส่วนบุคคลในปัจจุบันอยู่ในการพิจารณาของผู้ป่วยและแพทย์ที่ได้ชี้แจงให้อย่างละเอียด และข้อมูลการใช้จ่ายที่เพิ่มขึ้น และได้รับความเห็นชอบจากผู้ป่วย โดยที่ผู้ป่วยควรเป็นผู้รับผิดชอบค่าใช้จ่ายเอง หรือขึ้นอยู่กับนโยบายของกระทรวงสาธารณสุข